Üniversiteler bilim yuvasıdır. Başka bir deyişle bilimin üretildiği yerlerdir. Bilim ise, disiplinlere göre bazı farklılıklar göstermekle birlikte, birbirine benzer bilimsel yöntemler kullanılan kesintisiz bir üretim sürecini içerir. Doğayı araştırmak ya da bilinmeyeni ortaya çıkarmak üzere kullanılacak bilimsel yöntemler beş aşamada özetlenebilir.

Tanımlama ve gözlem: Araştırılacak konunun ya da nesnenin özelliklerinin belirlenmesi ve gözlemlerin titiz ölçümlerle desteklenmesi eylemlerini içermektedir.

Varsayım: Bir olguyu ya da süreci açıklamak üzere önerilen geçici yapı ya da model. Bu yapı kanıtlarla desteklenmeli ve buradan genele, kalıcı yapıya ya da evrensele geçilebilmelidir. 

Öngörü: Kullanışlı varsayım, akıl yürütmeyle ya da tümdengelim çıkarımlarla öngörü yapma olanağı sağlamalıdır. Öngörü bir laboratuvar ortamındaki deneysel çalışmanın sonucuna yönelik olabileceği gibi istatiksel verilerle açıklanabilecek bazı olasılıklar üzerine olabilir.

Deney: Öngörüler deneylerle sınanmalı ve onların sağlamaları yapılmalıdır. Eğer deney sonuçları öngörülerle çelişiyorsa o zaman varsayımlar yeniden gözden geçirilmeli ve gerekiyorsa yeni varsayımlar oluşturulmalıdır. Deney yenilenebilir nitelikte olmalı, deney sonuçları bilimsel yayınlarla başkalarının irdelemesine ve sorgulamasına açık tutulmalıdır.

Bilimsel kuram: Doğayı, doğal süreçleri ya da olguyu açıklayan güvenilir, tutarlı ve kapsamlı bilgi bütünlüğüdür. Evrim Kuramı, Görecelik Kuramı, Doğrusal Sistem Kuramı verilebilecek bazı örneklerdir.

Görüldüğü gibi bilimsel süreç yinelemeli ve süreklidir. Bu niteliklerle bilimsel üretim; bünyesine uygun olmayanları ayıklar, yanlışları giderir, güvenilir olanları saklar, böylece büyür ve temelini sürekli sağlamlaştırır. Son 300 yıldaki Bilimsel Devrimin başarısının altında bu dinamik özellik bulunmaktadır. Bilimsel ürünleri insanların kullanıma sunan ise bunlardan üretilen teknolojilerdir. Kabaca belirtmek gerekirse bilimsel üretim üniversitelerde yoğunlaşmakta ve teknolojik üretim ise sanayide yapılmaktadır. Üniversite-sanayi ikili yapısı birbirinden vazgeçilmezliği ve birbirini tamamlayıcı özelliğini açıklamaktadır. Toplumun gelişme motorunu bu ikili yapı oluşturmaktadır. Avrupa’da ‘70’li yıllarda ortaya çıkan ve üniversite-sanayi teknolojik işbirliğini hızlandırmak amacını taşıyan, üniversite yerleşkelerindeki endüstri parkları, son 10-15 yıldır ülkemizdeki önde gelen birkaç üniversitede de teknopark adı altında yer almaya başlamıştır.

Üniversite ayrıca, meslek edinmenin ötesinde; özgür düşünme, tartışma ve düşünce üretme ortamının olduğu yerdir. Başka deyişle; aklın özgür olduğu, eleştirel düşünme sistematiğinin benimsenip kullanıldığı, dogmaların ise yer bulamadığı ve  yeşeremediği yerdir. Eleştirel düşünme sistematiği; gözlemsel (ya da deneysel) kanıt, akıl yürütme ve kuşkulu olma döngüsü üzerine kuruludur. Bu olabildiğince nesnel döngü içinde; kişisel duygu, inanç ya da yazgıya inanma gibi öznellikler yer almaz. Nesnellik ve nedensellik öne çıkmalıdır. Nedensellik bize zamanın akış yönünü sağlar: Geçmiş ve şimdi geleceği etkiler, ancak gelecek geçmişi ya da içinde bulunduğumuz anı etkilemez. Örneğin nedensellikle yazgıya inanma, birbirleriyle çeliştikleri için, bir arada bulunamaz. Yanılgıya düşmemek ya da onu aşmak için sorgulayıcı ve kuşkulu olunmalıdır. Kuşkulu olma düzeltmeyi ve doğruya yönelmeyi sağlamaktadır.